IllustratorCC 2017で作成されたPDF上の特色名の表記が、Shift_JISからUTF-8に変更されていることが分かりました。
PDFの規格としてはUTF-8でも問題ないことになっています。
今までの経緯として、主要なDTPアプリケーションから出力されるPDFの特色名表記がShift_JISであり、UTF-8で表記されるケースが特殊なデータを除きなかったので、Shift_JISであることを前提に実装されている、EQUIOS / Trueflowの一部の機能や、AdobeのDTPアプリケーション(なんと！)でさえも、正常に動作しない原因となります。
詳細はSCREENさんのサイトをご覧ください。